Plataforma de proteómica

Equipamiento

En la actualidad, la Plataforma de Proteómica del INIBIC posee la siguiente infraestructura para análisis de proteínas a gran escala:

Equipos para separación y análisis de proteínas mediante electroforesis bidimensional

Responsable : Dra. Cristina Ruiz Romero

• Sistemas de isoelectroenfoque Ettan™ IPGphor™ e IPGphor™ 3 (Ge Healthcare) con bandeja de rehidratación y soporte IPGphor Manifold para correr simultáneamente 12 tiras de gradiente de pH inmovilizado de 7 a 24 cm.
• Sistemas de separación de proteínas en 2ª dimensión: unidades de electroforesis MiniProtean (Bio-Rad), SE600 Ruby (GE Healthcare) y Ettan™ DALTsix (GE Healthcare), para tamaños de geles de hasta 24x26 cm.
  
• Escáner de alta resolución ImageScanner (GE Healthcare), para digitalización de geles teñidos con Coomassie o nitrato de plata.
• Cámara CCD equipada con fuentes de excitación de 460 y 520 nm (Fujifilm), para digitalización de geles teñidos con compuestos fluorescentes (SYPRO, etc).
• DIGE Imager (GE Healthcare), para digitalización de geles DIGE o teñidos con fluorescentes (SYPRO, etc).
• Software de análisis de geles bidimensionales PDQuest™ 7.3.1 (Bio-Rad). Este programa permite la identificación, cuantificación y análisis de las manchas proteicas presentes en los geles 2-DE.
• Software de análisis de geles bidimensionales Progenesis SameSpots 4.0 (Nonlinear Dynamics)

Equipos para separación de proteínas mediante cromatografía líquida

Responsable : Dra. Patricia Fernández Puente

• 1200 Series LC (Agilent Technologies), HPLC para cromatografía líquida de alta resolución. Con sistema de inyección automática, bomba cuaternaria, detector UV y colector de fracciones (Gilson). Columnas disponibles:
  • Zorbax C18 (fase reversa)
  • PolyLC (SCX)
  • ProteoPrep 20 (inmunoafinidad, para depleción de las 20 proteínas mayoritarias presentes en suero)
  • MARS Hu-14 (inmunoafinidad, para depleción de las 14 proteínas mayoritarias presentes en suero)
  
• Sistema Tempo™ nanoLC (Applied Biosystems), para cromatografía líquida de alta resolución y nanocaudal (nL/min). Acoplado a colector de microfracciones.
• Colector y dispensador de microfracciones SunCollect (SunChrom), para depositar las fracciones del nLC sobre una placa para MALDI.

Identificación de proteínas

Responsable : Dr. Jesús Mateos Martín

• Espectrómetro de masas 4800 MALDI-TOF/TOF™ Proteomics Analyzer (Applied Biosystems). Posee fuente de ionización tipo MALDI y dos analizadores de masas tipo tiempo de vuelo en tándem con cámara de colisión (CID) para fragmentación de iones.
• Software Protein Pilot 3.0 (Applied Biosystems), para la identificación de proteínas a partir de geles bidimensionales o ensayos de nLC-MALDI-TOF/TOF, así como para la cuantificación de proteínas tras marcaje in vitro (ICAT, iTRAQ) o in vivo (SILAC).